Jeder Biobetrieb wird mindestens 1 mal jährlich von einer offiziell anerkannten Biokontrollstelle kontrolliert. Jeweils 5% der Betriebe werden ein zweites Mal unangemeldet kontrolliert. Die wichtigsten und vom Bundesamt für Landwirtschaft offiziell anerkannten Kontrollstellen in der Schweiz sind bio.inspecta und Bio Test Agro).